源氏创立镰仓幕府，为什么到最后将军却由皇族出任，实际执掌政权的幕府执政北条氏也与源氏无直接血缘关系

因为源赖朝的子孙因为北条氏的阴谋基本上都死光了所以北条氏先后拥护了不少没有继承家业权力的摄关家和皇室的子孙担任傀儡将军而足利尊氏的室町幕府足利尊氏的子孙没断过

征夷大将军的演变可以分为两个阶段。第一阶段将军只是朝廷临时任命的大将军，又称“持节使”、“征东大使”、“持节大将军”、“征东大将军”，由皇室成员或公卿贵族出任，没有氏源上的限制，也没有后来幕府将军的实权； 第二阶段，随着武家政权代表源氏的兴起，源赖朝击灭平家后出任征夷大将军，在镰仓开设幕府，成为日本实际上的最高统治者。后来的足利幕府、德川幕府都自称出自源氏，利用源氏的名义出任征夷大将军。因此，征夷大将军一职在镰仓时代之后皆由源家独占，征夷大将军同时是源氏的长者。从某个意义上来说，征夷大将军可以理解成武家政权中的关白，是武家中最高的职位。 长期以来武士集团都认为只有源氏、平氏的子孙才有资格开幕，如同只有五摄家能当摄政、关白一样。 平家获得将军的资格并没有失去。所以七百年间没有出现平氏将军，只在于平源合战之后，源氏后裔在地方上取得了优势。 源实朝死后，源赖朝的嫡系断绝，幕府执权北条氏先迎公家贵族子嗣（与赖朝有姻戚关系）为征夷大将军，后又以皇族亲王为将军。 可见征夷大将军不一定要源氏子孙就任.

并非编造，这句话原话是只有源平二氏的后代才能开幕，因为源氏平氏是天下公认的武家领袖。镰仓时代的摄关将军和皇族将军只是源赖朝绝嗣后的妥协解决方案。

首先纠正一下，室町幕府是在日本南北朝之后由足利氏建立的。
你所讲的源氏与北条氏是平安朝时的镰仓幕府。

镰仓幕府（1192年—1333年），虽然是源氏创建的，但源氏只当两代三位将军！
原因是源赖朝的妻子北条氏一族权力扩张。源赖朝的儿子源赖家、源实朝相继去世后源氏已经没有血缘上继承者。所以北条氏就扶植了藤原赖经（源赖朝的外孙，九条氏）和藤原赖嗣父子，作为北条氏统治天下的傀儡。
直到北条时赖废掉藤原赖嗣迎立宗尊亲王为镰仓将军，北条氏成以“执权”之名成为镰仓幕府的实际统治者，从此以后北条氏世代握有实权，不论天皇还是幕府将军都是傀儡而已。

楼主打错了吧,应该是镰仓幕府吧,室町幕府是在足利尊氏灭亡北条氏后建立的,镰仓幕府是在源平合战后由源赖朝建立的,而源赖朝建立幕府正是靠岳父北条时政,而源赖朝死后长子源赖家即位,此时北条氏确立合议制的幕政来限制赖家,赖家因借妻族比企氏对抗北条氏失败,被流放后暗杀,由赖朝次子实朝即将军位,但大权已在北条氏手中,后实朝被兄长源赖家之子源公晓所弑,源家无后,自此实权完全落入北条家之手.

因继承权问题爆发了应仁之乱